Grundlagen und Bioinformatik der Nanoporen-Sequenzierung der dritten Generation

Die Sequenzierung der dritten Generation hat die Genomik verändert, indem sie eine direkte Echtzeit-Analyse langer DNA- und RNA-Fragmente ermöglicht.Das Verständnis der Nanopore-Sequenzieren eröffnet moderne Möglichkeiten für die Genome-Assemblierung, die Erkennung von Strukturvarianten und das Metagenomic Profiling. Dieser schriftliche Kurs bietet eine umfassende Grundlage für die Technologie und führt Sie von grundlegenden biologischen Mechaniken zu Befehlszeilen-Bioinformatik-Pipelines. Was Sie lernen werden: - Verstehen Sie die Grundprinzipien der Nanoporen-Sensortechnologie und der biologischen Strangsequenzierung - Erkunden Sie verfügbare Hardwareplattformen, Durchflusszellen-Architekturen und Bibliotheksvorbereitungsprotokolle - Beherrschen Sie moderne Basecalling-Modelle und Rohsignalverarbeitungskonzepte für hochgenaue Auslesungen - Analysieren Sie lange gelesene Datensätze für Genom-Assembly, Leseausrichtung und Variantenaufruf - Anwenden von Qualitätskontrolle, Lesefilterung und adaptiven Probenahmestrategien auf nachgelagerte Analysen - Üben Sie Bioinformatik-Workflows mit Standard-Befehlszeilensoftware für lange gelesene Daten Der Kurs beginnt mit grundlegenden Konzepten, Schlüsselterminologie und physikalischen Prinzipien, bevor er praktische bioinformatische Verarbeitungsschritte und Datenauswertung durchläuft.Dieser textbasierte Leitfaden wurde speziell für Anfänger, Forscher und Studenten der Biologie oder Informatik entwickelt und erfordert keine Vorkenntnisse mit Sequenzierungswerkzeugen. Beginnen Sie noch heute mit dem Lesen, um praktische Fähigkeiten in der Long-Read-Genomics aufzubauen.