พื้นฐาน Metagenomics: การวิเคราะห์ชุมชนจุลินทรีย์

จุลินทรีย์มีอิทธิพลต่อโลกของเรา แต่ส่วนใหญ่ไม่สามารถเพาะเลี้ยงในห้องปฏิบัติการได้ Metagenomics ช่วยปลดล็อกชุมชนที่ซ่อนอยู่เหล่านี้โดยการวิเคราะห์สารพันธุกรรมโดยตรงจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม โดยไม่ต้องอาศัยการเพาะเลี้ยง หลักสูตรแบบอ่านนี้จะนำคุณตั้งแต่แนวคิดทางชีววิทยาพื้นฐานของจุลชีววิทยาในสิ่งแวดล้อม ไปจนถึงขั้นตอนการทำงานทางชีวสารสนเทศ (bioinformatics) สมัยใหม่ที่ใช้ในการระบุสปีชีส์และหน้าที่ของพวกมัน คุณจะได้รับพื้นฐานทั้งทางแนวคิดและการปฏิบัติในการวิเคราะห์ข้อมูล metagenomic เพื่อเตรียมความพร้อมในการตีความระบบนิเวศของจุลินทรีย์ที่ซับซ้อน สิ่งที่คุณจะได้เรียนรู้: เข้าใจหลักการสำคัญของ Metagenomics และความแตกต่างจาก genomics แบบดั้งเดิม; สำรวจเทคโนโลยีการหาลำดับเบส (sequencing) รวมถึงแนวคิดการหาลำดับเบสแบบอ่านสั้น (short-read) และอ่านยาว (long-read) สมัยใหม่; วิเคราะห์วิธีการทำ taxonomic profiling เพื่อระบุองค์ประกอบของสปีชีส์ในชุมชน; ประเมินขั้นตอนการทำงานด้าน functional annotation เพื่อกำหนดศักยภาพทางเมตาบอลิซึมของระบบนิเวศ; ฝึกฝนการตีความตัวชี้วัดการควบคุมคุณภาพและกลยุทธ์การประกอบข้อมูล (assembly) สำหรับชุดข้อมูล metagenomic; ประยุกต์ใช้แนวคิด pipeline สมัยใหม่ เช่น การทำ profiling แบบอิงตาม read และแบบอิงตาม assembly กับตัวอย่างสิ่งแวดล้อม หลักสูตรเริ่มต้นด้วยคำศัพท์ทางชีววิทยาและนิเวศวิทยาที่จำเป็น ก่อนจะเข้าสู่ระเบียบวิธีในการหาลำดับเบส การเตรียมข้อมูลเบื้องต้น การจัดกลุ่มทางอนุกรมวิธาน (taxonomic binning) และการทำ functional profiling ออกแบบมาสำหรับผู้เริ่มต้นด้านชีวสารสนเทศ นักศึกษาสาขาวิทยาศาสตร์ชีวภาพ และนักวิจัยที่กำลังมองหาบทนำสู่ Metagenomics ที่ชัดเจนและเป็นระบบ โดยไม่จำเป็นต้องมีประสบการณ์การเขียนโปรแกรมมาก่อน เริ่มอ่านวันนี้เพื่อปลดล็อกความลับทางพันธุกรรมของโลกจุลินทรีย์